常見的凈化無塵室清潔方法有真空清掃、消毒滅菌。在真空管道系統中便攜式自動吸塵器完成清掃工作。濕法使用的較為廣泛，在室內禁止采用打掃從清掃工具從設備上的粒子吸附搜集，還可以清理靜電。濕法順序在無塵室中消毒應該同時進行，還要向房間內空氣中噴灑消毒物質。

在凈化工程公司完成項目施工后，在采用潔凈室的滅菌技術，可以牢記，清掃的目的是將無塵室的污染清除掉，而不是從這里轉移到另外一處。施工后需要準備清掃工具和設備。

洗滌材料、清掃工具、材料等，可以使用木質清掃工具，清理工具可以清潔和按期更換，對于有損壞的設備和其他損壞工具，清掃工具有專用熟悉。

桶可以使用不銹鋼桶，要注意整體性的平整度和裂縫。使用的抹布和海綿應始終出去潮濕狀態，海綿完整性，斷裂了會成為污染源。滾子可以方便清掃過濾器和墻面，清理后可以用清洗材料和消毒清洗和干燥。刷子是無塵室使用較少的，因為孔隙太多，容易留下污垢，用刷子缺少相關孔洞，采用塑料纖維刷。抹布在清潔凈化室的時候要優質的擦拭材料，在投入到潔凈室中，擦拭儀器儀表和相關設備。

在不同的凈化項目中，有很多專業的清潔設備，如微電子凈化工程公司、醫療凈化工程公司，都會使用專用的清潔工具，手推車、布料、抹布等。