在凈化工程中經常遇到施工難點，四周的交叉感染、積灰，吊頂、墻面、地面的裝飾材料的耐磨性、不起塵、易清洗、耐腐蝕。在拐彎的地方要是圓角，防止尖銳磕碰。裸露的木質和石膏類的材料容易開裂、變形，所以不能使用這方面的材料。

為了減少凈化工程中空氣方面的滲透和污染，進出潔凈室的門可以安裝自動推拉式，減少外界和室內的氣流互相干擾，門下地面防止凹槽積塵，潔凈室門的自動延時關閉安裝、正常工作。氣流還有正壓和負壓，要達到這個標準，需要氣密性良好，所以潔凈室內所有細縫連接要嚴絲合縫，避免凹凸不平。

氣密性上的因素有插座、物料柜、燈具等一般都要暗裝，然后在接縫處進行密封。凈化工程對中央空調的要求較為嚴格，在潔凈室內普通的風機盤管需要特制，避免發霉和滋生細菌，對于濕度的控制尤為重要。通風管道應該堅持短、直、順原則，減少中間繁雜設備，采用氣流良好的管件和靜壓箱，管道系統不應該使用軟性管道。

在送風口一定區域內潔凈氣流形成主流區域，才雙側下部回風，不能使用四角或四側回風。室內回風，不設余壓閥向走廊回風。軟接頭材料應該雙層，防止表面長霉。回風口安裝碳纖維濾層以吸收回風中的異味，回風口百葉片選擇豎向可調葉片，減少橫向葉片上的積塵。循環空氣的金屬外表要有保護層，防止金屬物件被腐蝕。

對于給水有冷熱供選擇，水量、水壓和水質有保障，對于水質要求較高的凈化室，還要安裝相關滅菌設備。給水管道要單獨設立，不能和其他器具混合使用。設置地漏時需增加密封蓋。水中污物量較大的時候，防止排水管道堵塞，增加排水管道口徑，可減少日常維修量。

在凈化工程公司會遇到凈化難題時要統一指揮施工，保質保量，有綜合性能全面評定。對于整體驗收主要考察施工質量、質量設計不能互相代替，在竣工驗收之后才能進行評定。