潔凈室內的換氣方式可分成兩種方案：第一種是由空調過濾器直接換氣，第二種是通過濾風機設備進行更換空氣。

　　使用比較多的是空調過濾器換氣，由進風空調器將空氣送入潔凈室，由排風風道將空氣排出它能符合形狀和面積的潔凈室通風空調系統所提出的條件，保證換氣平衡和壓差，甚至在，大型綜合性的不同潔凈度的潔凈工作臺內也能做到這一點。因此，潔凈室內循環的全部空氣都經過空調器。這就要求增加進、排風風管的損耗。

　　簡單的方案就是采用自控的耐高溫過濾器通風機。由外部房間進入的空氣經過過濾通風機進入潔凈室，并通過排風風管將空氣排出。經空調器昀空氣僅進入外部房間。該方案適用于允許空氣循環的場合，可以排出多余的熱量和濕氣，并利用室外空氣送入外部房間，調節微氣候參數的方式，符合衛生規范的要求。

　　通過過濾通風機送風能保證潔凈室的靈活性。能夠改變整個潔凈室或個別潔凈區的潔凈度級別，可以重新改變潔凈室的布置而費用不多。所示為柔性模塊式潔凈室。

　　這種潔凈室的主要部件是吊頂設備。吊頂做成標準尺寸的方格。在方格內裝有必要的模塊：過濾通風、照明、排風和盲板等，低噪聲的過濾通風模塊起著關鍵的作用。

　　結構方案潔凈室圍護結構及其構件應保證符合潔凈度的基本要求。

　　保證密閉性；不產生二次污染；不得有凸出部位，尖角、難以打掃的死角，凹處，縫隙等；具有光滑的表面；表面上不得有發亮斑點，應漆成悅目的顏色；必要時應將外部表面做出防靜電和導電的；應堅固耐久；應有耐磨的表面；應防潮和不發霉；--應能經受清洗劑、消毒劑和其它物品的作用；應能保證便于使用和技術維修；--應能保證便于安裝，必要時還要便于拆除和潔凈室的重新布置。